RasMol

RasMol adalah program grafis molekul ditujukan untuk visualisasi dari protein, asam nukleat dan molekul kecil. Program ini ditujukan untuk display, pengajaran dan generasi gambar berkualitas publikasi. RasMol berjalan pada berbagai arsitektur dan sistem operasi termasuk SGI,, sun4 sun3, sun386i, DEC, HP dan workstation E & S, DEC Alpha (OSF / 1, Buka VMS dan Windows NT), IBM RS/6000, Cray, Sekuen, VAX VMS (di bawah jendela Desember), IBM PC (di bawah Microsoft Windows, Windows NT, OS / 2, Linux, dan BSD386 * BSD), Apple Macintosh dan PowerMac. UNIX dan VMS versi memerlukan, 24bit 8bit atau 32bit X Windows frame buffer (X11R4 atau lambat). Versi X Windows RasMol memberikan dukungan opsional untuk kotak hardware cepat dan komunikasi memori dipercepat bersama (melalui XInput dan MIT-SHM ekstensi) jika tersedia pada Server X saat ini.

Program membaca dalam molekul koordinasi file dan interaktif menampilkan molekul pada layar dalam berbagai pernyataan dan skema warna. Format file yang didukung meliputi masukan Protein Databank Brookhaven (PDB), Tripos Associates ‘Alkimia dan Mol2 Sybyl format, Desain (MDL) format Molekuler Limited Mol file, (MSC) Minnesota Supercomputer Centre XYZ (XMol) format dan format file CHARMm. Jika informasi konektivitas tidak terdapat dalam file ini dihitung secara otomatis. Molekul dimuat dapat ditampilkan sebagai obligasi wireframe, obligasi tongkat silinder ‘Dreiding’, alpha-karbon jejak, ruang-mengisi (CPK) bola, pita makromolekul (baik halus pita padat berbayang atau untaian sejajar), ikatan hidrogen dan representasi dot permukaan. Bagian yang berbeda dari molekul dapat diwakili dan diwarnai secara independen dari sisa molekul atau ditampilkan dalam representasi secara bersamaan. Molekul ditampilkan mungkin diputar, diterjemahkan, diperbesar dan dipotong-z (Slabbed) interaktif baik menggunakan mouse, scroll bar, command line atau kotak panggilan terpasang. RasMol dapat membaca daftar disiapkan perintah dari file ‘script’ (atau melalui antar-proses komunikasi) untuk memungkinkan gambar yang diberikan atau sudut pandang yang akan dipulihkan dengan cepat. RasMol juga dapat membuat file script yang berisi perintah yang diperlukan untuk menumbuhkan citra saat ini. Akhirnya, gambar yang diberikan dapat ditulis dalam berbagai format termasuk baik raster atau vektor PostScript, GIF, PPM, BMP, PICT, Sun rasterfile atau sebagai script masukan MolScript atau Kinemage a.