HyperChem

 Program HyperChem , merupakan program yang kimia aplikasi 32 bit, Yang dikembangkan oleh HyperCube Inc UNTUK Sistem Operasi Windows 95/98 Windows NT murah. HyperChem merupakan Program Yang Sobat Dari pemodelan molekul Yang Telah diakui Mudah digunakan, fleksibel murah Berkualitas. DENGAN menggunakan visualisasi animasi Tiga Dimensi murah hasil perhitungan kimia kuantum, mekanika molekular Dinamika murah, menjadikan terasa sangat HyperChem Mudah digunakan dibandingkan DENGAN Program kimia kuantum Yang lain.

            Program Kimia menyediakan Fasilitas Pembuatan Model Tiga Dimensi (3D), perhitungan mekanika kuantum mekanika molekular murah ( semiempiris murah ab initio ). Disamping ITU Tersedia pula database yang murah Program Simulasi Monte Carlo murah dinamika molekul (MD) .

Fasilitas Yang disediakan oleh Program Standar ini adalah:

·         Struktur input murah Manipulasi ( Struktur Input dan Mani-pulation )

·         Tampilan Molekul ( Tampilan Molekuler )

·         Kimia Komputasi ( Computational Chemistry )

·         METODE Komputasi ( Metode Komputasi )

HASIL PERHITUNGAN DENGAN HYPERCHEM

Prediksi:

            HyperChem dapat digunakan UNTUK menentukan bebe-Rapa Sifat Struktur ANTARA lain:

·   Stabilitas relatif Dari beberapa isomer ·   Panas pembentukan ·   Energi Aktivasi ·   Muatan atom ·   Beda energi HOMO-LUMO ·   Potensi Ionisasi ·   Afinitas Elektron ·   Momen DIPOL ·   Tingkat energi Elektronik ·   Energi korelasi Elektron MP2

Simulasi

• Interaksi Docking
• Pengaruh Temperatur PADA Gerakan molekul
• Pengaruh pelarut pda murah Dinamika Struktur
• Interaksi intermolekular PADA kluster

Toolbar VIEW STANDAR

Seketika HyperChem aktif, Maka Tampak toolbar standar berikut:

Beberapa toolbar Yang Harus dipahami dulu adalah Menggambar, Pilih, Putar out-of-plane (XY Rotasi), Putar di pesawat (Z Rotasi), Terjemahkan (XY ​​Terjemahan), Z-Terjemahkan, Magnify / mengecilkan / Zoom, Z-Kliping pesawat, murah Teks Anotasi. penjelasannya sebagai berikut:

 

: Menggambar tombol `'UNTUK SISTEM menampakkan periodik Unsur; cara melakukanya

                          DENGAN klik 2 kali secara cepat

: Tombol `Seleksi 'UNTUK atom atau molekul Puyeng atau UNTUK Melihat Ikatan Panjang, Ikatan Sudut, murah Sudut torsi

 

: Tombol `XY Rotasi 'UNTUK memutar molekul Sekitar sumbu X Y murah

 

: Tombol `Z Rotasi 'UNTUK memutar molekul Sekitar sumbu Z

 

: Tombol `XY Terjemahan 'UNTUK menggerakkan molekul atom murah Sepanjang sumbu

  X Y murah                   

: Tombol `Z Terjemahan 'UNTUK menggerakkan molekul atom murah Sepanjang sumbu Z

                       

: Tombol `Zoom 'membesarkan atau mengecilkan UNTUK SISTEM molekul. Caranya, tekan Tombol kerabat tikus, Gerakan ke kiri-bawah UNTUK membesarkan, atau Gerakan ke kanan-Atas UNTUK mengecilkan

: Tombol `Z Kliping" UNTUK memotong molekul

 

: Tombol `Teks Anotasi ' UNTUK menambakkan PADA teks layar

Tombol toolbar Yang lain adalah tombol Standar PADA Ms Office, yaitu

Baru     : memulai file yang baru

Buka    : Membuka file yang lama

Simpan     : menyimpan file yang aktif ke disket / H-Disk

Potong : menghilangkan pilihan murah menyimpan ke Memori                 

Salin    : menyimpan pilihan ke Memori

Tempel     : menempelkan Simpanan di Memori ke layar

Cetak     : nge-cetak

Persiapan MEMBUAT FILE BARU Struktur

Langkah sederhananya:

Klik <file>, pilih <Preferences>, sehingga Muncul Tampilan berikut

Pilih PADA <Window Color> <White>, supaya layar berwarna putih HyperChem.

Pilihan lain dapat dicoba PADA <Preferences> SENDIRI.

Klik <Display>, pilih <Labels>, sehingga Muncul Tampilan berikut:

PADA < Label > pilihlah < Symbol > Dalam, < Atom >, hari lalu pilihlah < Orde Obligasi > Dalam, Obligasi>. Sementara pilihan manut dulu, lain kali terserah.

Struktur MEMBUAT BARU

Langkah mudahnya:

Klik <file> hari lalu pilih < Baru >, supaya layar Bersih

Klik tombol  [ Menggambar ]     2 kali DENGAN cepat sehingga Muncul < Elemen Tabel>

Akan Seumpama cara membuat Struktur etana (CH ₃ CH ₃ ), Maka saya kali klik huruf <C> PADA <Element Tabel>. Ingat pilihan <Explicit Hydrogens> PADA <Element Tabel> jangan dicentang (tidak dipilih dulu)

PADA layar putih klik kiri tikus 1 kali, kemudian klik kiri tikus kali aku lagi dekat DENGAN Yang Pertama, seperti PADA gambar

Klik kiri Mouse Sebelah kiri PADA C, jangan dilepas dulu klik kirinya, Geser atau hubungkan ke C Yang kedua, sehingga terbentuk Ikatan, seperti gambar berikut

Bagaimana cara membuat etena (CH 2 CH 2 ) Yang orde ikatannya 2? 1.      Lakukan Langkah (1) Sampai (5) seperti di Atas, Persis! 2.      Klik tombol toolbar [Gambar]  1 kali, arahkan kursor bertanda hari lalu <select> murah tempatkan Tepat PADA Garis Ikatan, klik kiri mouse 1 kali lembut dan sehat, Maka Akan Muncul Ikatan ganda. UNTUK cara membuat etuna (CHCH) Yang Ikatan berorde 3, Maka lakukan klik seperti ini 2 kali klik kiri mouse, sehingga Muncul Ikatan tripel. 3.      Baru lalukan Langkah (6) dan (7).

 

Klik <Build> murah pilihlah <Tambah H & Model Build> sehingga Muncul Struktur berikut

Klik tombol toolbar Yang lain UNTUK mengubah Posisi stuktur, misalnya 1 kali klik tombol [ XY Rotasi]  , kemudian klik PADA layar putih kiri tikus murah tahan tenda Sambil menggeser kesana-kemari tikus.Coba pilihan lain, Misal [terjemahan], murah [Zoom]

Melihat Ikatan PANJANG, Ikatan Sudut, DAN Sudut torsi

Klik <select> murah pilihlah <Atoms>, UNTUK Puyeng atom-atom

Klik tombol toolbar [Pilih]     1 kali lembut dan sehat

UNTUK Melihat Ikatan Panjang, arahkan tombol [ Pilih ] PADA Garis Ikatan tertentu, misalnya Garis Ikatan antar C, murah klik kiri tikus l kali Tepat PADA Garis Ikatan Yang dipilih, Maka Akan Muncul Keterangan PADA Garis pagar bawah layar seperti berikut ini

Jarak antar C adalah 1,54 Angstrom

Cobalah lagi PADA Garis Ikatan lain, murah bacalah Panjang ikatannya!

UNTUK membebaskan kursor tikus murah Puyeng Maka klik Kanan Mouse 1 kali di sembarang Tempat.

4. UNTUK Melihat Sudut Ikatan HCH, Maka klik kiri Mouse murah tahan Tepat di Atas atom H Pertama murah geserkan ke atom H kedua, Lepaskan klik, lihat hasilnya murah.

Sudut ANTARA atom nomer 6-2-7 (HCH) adalah 109.471 °.

Coba antar 3 atom Yang lain! Misal Sudut HCC!

5. UNTUK Melihat Sudut torsi atom HCCH, Maka klik kiri tikus PADA atom H Pertama, klik tahan murah geserkan ke atom H kedua, sehingga gambar berikut Muncul

Sudut torsi atom HCCH adalah 180 °

Struktur 3 DIMENSI

Klik <Display>, murah pilihlah <Rendering>, Muncul Tampilan berikut

PADA Rendering Pilihan Berbagai terdapat pilihan: Metode Rendering, Sticks, Balls, Silinder, Spheres murah Tumpang Tindih. Misalkan pilihannya PADA

Metode Rendering       : Balls dan Silinder

Sticks   : Pilih semua, kecuali Stereo

Bola     : Shading Sorot murah

Silinder           : Warna oleh unsur

Tumpang Tindih Sphere     : Sorot Shading murah

Maka Akan diperoleh 3 Dimensi gambar sebagai berikut:

UNTUK berubah ke Bentuk semula (misalnya Tongkat) Tinggal tekan Tombol <F2>, bolak-balik!

Perlakukan Bentuk 3 Dimensi gambar ini seperti Bentuk <Sticks>, misalkan UNTUK Melihat Ikatan Panjang, Sudut Ikatan 3 atom, murah Sudut torsi 4 atom pilihan. Gerakkan pula DENGAN <XY Rotation>, <Z Rotation>, <Translation>, atau <Zoom>

UNTUK Melihat gambar 3 Dimensi Yang bagus banget, Maka klik <Display> murah pilihlah <Raytrace>

Jangan lupa simpan gambar strukturnya DENGAN Puyeng < Berkas > murah < Simpan >, kemudian beri Nama File (Misal gambar 1).

Struktur MENGUBAH MOLEKUL

Bagaimana cara membuat Struktur Toluena DENGAN mengubah Dari Benzena?

Klik menu < Berkas >, pilih <Open>, CARILAH berkas `Benzene 'di Direktori C: \ Hyper80 \ Sampel \ aromatik

Klik File `Benzene 'murah <Open>, Maka Akan Muncul Struktur Benzena

Klik menu < Pilih > murah pilih < Atom >, Ingat jangan pilih dulu < Seleksi Beberapa >, KARENA Hanya Akan Puyeng Satu pilihan lembut dan sehat

Klik kiri Mouse di Atas Tepat salah Satu atom H Sampai ada Tanda Lingkaran, Tanda berhasil Puyeng, kemudian pilih Delete Tombol Keyboard PADA

Klik tombol [Menggambar] 2 kali   DENGAN cepat sehingga Muncul < Elemen Tabel >

Klik 1 kali huruf < C > PADA < Elemen Tabel >

Klik kiri tikus l PADA kali Tepat Posisi atom H Yang dihapus

Tarik Garis Ikatan Dari atom C baru ke atom C Yang dihilangkan atom H-nya, DENGAN cara menekan Tombol kiri tikus Tepat di Atas atom C baru, tahan murah geserkan ke atom C Yang hilang atom H-nya

Klik < Membangun > murah pilihlah < Tambah H & Model Build >

Klik tombol [XY Rotasi] murah Gerakan molekul sehingga atom H Yang Tampak lain   

MEMBUAT Struktur MOLEKUL DART CS ChemDraw ULTRA

Aktifkan Program CS ChemDraw Ultra

Klik tombol alat teks 1 kali 

Akan Misal cara membuat Struktur TNT (trinitrotoluene), klik kiri tikus di Ruang kosong, kemudian ketik `trinitrotoluena '(Harus Istilah Asing)

Klik tombol Marquee tool 1 kali lembut dan sehat 

Klik menu < Struktur >, kemudian pilihlah <Convert Nama untuk Structure>, Maka Akan   Keluar Struktur TNT

Klik tombol Marquee tool kemudian lakukan blok terhadap Struktur TNT (nama Struktur jangan ikut diblok),  

Klik menu < Mengedit >, pilihlah < Salin >

Aktifkan Program HyperChem

Klik < Berkas >, pilihlah < Baru > UNTUK membersihkan Ruang

Klik < Mengedit >, pilihlah < Tempel >, Maka Akan Muncul Struktur TNT

Simpanlah murah beri Nama File 'TNT'

Cobalah cara ini SENDIRI UNTUK cara membuat asam pikrat Struktur `'atau` 2,4,6-trinitrophenol', `Amonium picrate ', 2,4,6-trinitrophenyl-methylnitramine murah`' Program PADA HyperChem mel Alui CS ChemDraw Ultra

MENGAMBIL FILE DATABASE Struktur MOLEKUL DART

Program database yang HyperChem menyediakan beberapa UNTUK Struktur molekul, diantaranya asam-asam Struktur amino, asam nukleat, kristal, sakarida murah Struktur lain. Caranya sebagai berikut:

Klik menu <Databases>, pilih <Amino acids>, Maka Akan Muncul kotak dialog asam amino beberapa Nama, pilihlah salah Satu.

Klik menu <Databases>, pilih <Saccharides>, klik <Add>, Maka Akan Muncul kotak dialog beberapa Jenis sakarida, pilih salah Satu, misalnya <aldoses>, <ketoses> atau Yang lain

            Contoh Prosedur UNTUK gula kristal sebagai berikut murah:

Prosedur: Gula Builder (Database Menu)

Gula (polisakarida) modul Builder dipanggil oleh satu klik sederhana pada item menu HyperChem. Modul ini memiliki struktur sendiri, menu, dan dialog kotak. Lihat manual untuk penjelasan lebih lengkap tentang Modul Builder Gula.

Meminjam Modul Builder Gula

L-klik pada Database / sakarida

Membuat poli (1 -> 4) - -D-Glukosa

L-klik pada Database / sakarida

Gunakan perintah / Aldoses menu Tambah untuk membuka kotak dialog Aldoses.

Pilih D dan   pilihan untuk memilih isomer D dan   anomer.

Pilih tombol perintah Glukosa untuk membuat residu glukosa dalam HyperChem.

Pilih jenis sambungan 14 dengan memilihnya dari daftar.

Perubahan f dan y untuk 48,05 dan -20 dengan memasukkan angka-angka di dalam kotak mengedit, masing-masing.

Berulang kali klik pada tombol perintah Glukosa, sekali untuk setiap residu yang ingin Anda tambahkan ke rantai.

L-klik pada pojok kanan atas dari kotak dialog Aldoses dan Builder Modul Gula untuk menutup pembangun gula.

Beralih kembali ke HyperChem untuk melihat polisakarida tersebut.

Prosedur: Crystal Builder (Database Menu)

Modul Builder Crystal adalah dipanggil dengan klik sederhana pada item menu HyperChem. Modul memiliki adalah struktur sendiri, menu, dan kotak dialog. Lihat manual untuk penjelasan lebih lengkap tentang Modul Builder Crystal.

Meminjam Modul Builder Kristal

L-klik pada Database / Kristal

Membuat Crystal Molekuler

Buat molekul dalam HyperChem

L-klik pada Database / Kristal

L-klik pada HyperChem / Dapatkan dalam Modul Builder Kristal

Pilih Jenis Crystal, Parameter Satuan your dan Jumlah Sel Unit Modul Builder Kristal

L-klik pada HyperChem / Taruh dalam Modul Bulder Kristal

Tutup Modul Builder Kristal oleh L-klik di sudut kanan atas.

Kembali ke HyperChem

Membaca di Molekul dari Database Cambridge Kristalografi

L-klik pada Database / Kristal untuk membuka Modul Builder Kristal

L-klik pada File / Buka di Modul Builder Kristal

Arahkan ke direktori yang sesuai dan membaca dalam sebuah file CSD

L-klik pada HyperChem / Taruh dalam Modul Builder Kristal

Tutup Modul Binder Kristal oleh L-klik di sudut kanan atas.

Kembali ke HyperChem

Membuat Crystal Contoh

L-klik pada Database / Kristal untuk membuka Modul Builder Kristal

L-klik pada Sampel ...... tombol

Pilih Kristal Jenis Sampel yang sesuai dan kemudian L-klik OK

Pilih Jumlah Sel Unit Modul Builder Kristal

L-klik pada HyperChem / Taruh dalam Modul Builder Kristal

Tutup Modul Builder Kristal oleh L-klik di sudut kanan atas.

Kembali ke HyperChem

METODE KOMPUTASI

Struktur Yang Pertama kali Dibuat Ujug belum optimal geometri strukturnya, KARENA ITU Harus dilakukan Optimasi geometri UNTUK menempatkan konformasi Yang stabil menggunakan METODE komputasi tertentu. Telah HyperChem menyediakan menu Dalam, <Setup>. Sebagai Gambaran berikut ini dijelaskan secara Singkat METODE komputasinya.

METODE Kimia Komputasi

METODE kimia komputasi dapat dibedakan menjadi 2 yaitu BAGIAN gede mekanika molekuler murah METODE Struktur Elektronik Yang terdiri Dari semiempiris murah METODE METODE ab initio . METODE Yang SEKARANG berkembang PESAT adalah teori fungsional kerapatan ( densitas teori fungsional , DFT).

Banyak, murah dinamik Aspek Struktur molekul dapat dimodelkan menggunakan METODE Dalam, Bentuk klasik mekanika molekul dinamik murah. Medan gaya ( medan kekuatan ) klasik didasarkan PADA hasil empiris Yang merupakan rata-rata Nilai Dari sejumlah parameter data gede molekul. KARENA melibatkan Data Dalam, Jumlah gede hasilnya UNTUK SISTEM Baik Standar, namun demikian BANYAK Pertanyaan Penting Dalam, Yang Tidak kimia semuanya dapat terjawab DENGAN pendekatan empiris. Jika ada keinginan UNTUK mengetahui Lebih Jauh tentang Struktur atau Sifat Yang lain bergantung PADA Distribusi kepadatan Elektron, Maka penyelesaiannya Harus didasarkan PADA pendekatan Yang Lebih teliti Umum yaitu bersifat murah kimia kuantum. Pendekatan ini juga dapat menyelesaikan permasalahan non-Standar, Yang umumnya PADA METODE mekanika molekuler dapat diaplikasikan Tidak.

Kimia kuantum didasarkan Postulat mekanika kuantum PADA. Dalam, kimia kuantum, SISTEM digambarkan sebagai Fungsi Gelombang Yang dapat diperoleh persamaan Schrödinger DENGAN menyelesaikan.Persamaan ini berkait DENGAN SISTEM Dalam, keadaan stasioner murah energi mereka dinyatakan Dalam, Operator Hamiltonian. Operator Hamiltonian dapat Dilihat sebagai Aturan UNTUK mendapatkan energi terasosiasi DENGAN Sebuah Fungsi Gelombang Yang menggambarkan inti atom Dari Posisi murah Elektron Dalam, SISTEM. Dalam, prakteknya, persamaan Schrödinger Tidak dapat diselesaikan secara eksak sehingga beberapa pendekatan Harus Dibuat. Pendekatan ab initio dinamakan jika METODE tersebut menggunakan data yang Dibuat Tanpa empiris, kecuali UNTUK tetapan Dasar massa seperti tetapan Planck murah Elektron Yang diperlukan UNTUK Sampai PADA prediksi numerik. Jangan mengartikan kata ab initio sebagai penyelesaian eksak. Teori ab initio adalah perhitungan Sebuah horee Yang bersifat Umum Dari persamaan Schrödinger penyelesaian secara Praktis Yang dapat diprediksi tentang keakuratan murah kesalahannya.

METODE kelemahan ab initio adalah kebutuhan Yang gede terhadap kemampuan Kecepatan Komputer murah. DENGAN demikian penyederhanaan perhitungan dapat dimasukkan ke Dalam, METODE ab initiomenggunakan beberapa parameter DENGAN empiris sehingga dihasilkan METODE kimia komputasi Yang baru dikenal DENGAN semiempiris. METODE semiempiris dapat diterapkan SISTEM Dalam, Yang gede murah menghasilkan Fungsi Gelombang Elektronik Yang Baik sehingga dapat diprediksi Sifat Elektronik. Dibandingkan DENGAN perhitungan ab initio , realibilitas METODE semiempiris agak rendah murah penerapan METODE PADA semiempiris bergantung ketersediaan parameter empiris seperti halnya mekanika molekul PADA.